Hajdina wurde zum ersten Mal in den historischen Urkunden im Jahr 1164 erwähnt. Im Jahr 1202 wurde sie schon geteilt in die Salzburger Spodnja Hajdina (Oberhaiden) und Landesfürstliches Spodnja Hajdina (Unterhaiden) mit der Kirche und dem Hof. Der Hof wurde auch im 16. und 17. Jahrhundert erwähnt, aber bis heute ist es keine Spur von ihm geblieben. Am Anfang des 19. Jahrhunderts war Hajdina ein Platz mit 86 Häusern und 399 Einwohnern, am Ende des 19. Jahrhunderts waren hier schon 123 Häuser und 635 Einwohner, zwei Viehmärkte (am 1. Mai und 30. August). Die Leute haben von der Landwirtschaft, Viehhaltung und Imkerei gelebt.
Nach dem Jahr 1850, als die Gemeinde gegründet wurde, hatte Hajdina ihren Sitz in Zgornja Hajdina. Bis zum Jahre 1952 war Hajdina eine selbständige Gemeinde, nachdem bis zum 1999 ein Teil der Gemeinde Ptuj. In der selbständigen Republik Slowenien vom 1999, ist das schon wieder eine selbständige Gemeinde. Es besteht aus sieben Ortschaften, die rural urbanisiert sind. Viele Vereine sorgen dafür, das die Leute Umgang miteinander haben und dass sie die Natur- und Kulturerbe von diesem Teil Sloweniens präsentieren.